MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Clostridium perfringens str. 13 chromosome

Total Repeats: 84639

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003366	AAC	2	6	122	127	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_003366	AAT	2	6	143	148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_003366	TAT	2	6	166	171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_003366	TTA	2	6	174	179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003366	TAT	2	6	182	187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003366	TA	3	6	223	228	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003366	CAA	2	6	240	245	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_003366	T	7	7	271	277	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_003366	ATA	2	6	278	283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003366	TAA	2	6	312	317	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_003366	TAA	2	6	339	344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003366	GGA	2	6	398	403	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_003366	AGA	2	6	405	410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18308983
14	NC_003366	AAT	2	6	425	430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18308983
15	NC_003366	ATA	2	6	452	457	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18308983
16	NC_003366	ATA	2	6	525	530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18308983
17	NC_003366	TTA	2	6	593	598	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18308983
18	NC_003366	AGA	3	9	664	672	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18308983
19	NC_003366	AGAA	2	8	693	700	75 %	0 %	25 %	0 %	18308983
20	NC_003366	GAA	2	6	703	708	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18308983
21	NC_003366	ATG	2	6	720	725	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18308983
22	NC_003366	TGA	2	6	748	753	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18308983
23	NC_003366	GCA	2	6	827	832	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18308983
24	NC_003366	ATT	2	6	874	879	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18308983
25	NC_003366	GGA	2	6	887	892	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	18308983
26	NC_003366	ATGC	2	8	917	924	25 %	25 %	25 %	25 %	18308983
27	NC_003366	TTC	2	6	939	944	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18308983
28	NC_003366	AGT	2	6	964	969	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18308983
29	NC_003366	ATC	2	6	976	981	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18308983
30	NC_003366	TTA	2	6	1002	1007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18308983
31	NC_003366	GAT	2	6	1019	1024	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18308983
32	NC_003366	TTA	2	6	1067	1072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18308983
33	NC_003366	GAT	2	6	1076	1081	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18308983
34	NC_003366	ATTCA	2	10	1082	1091	40 %	40 %	0 %	20 %	18308983
35	NC_003366	AAG	2	6	1113	1118	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18308983
36	NC_003366	TTC	2	6	1121	1126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18308983
37	NC_003366	ATC	2	6	1171	1176	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18308983
38	NC_003366	AGA	2	6	1207	1212	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18308983
39	NC_003366	ACC	2	6	1258	1263	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	18308983
40	NC_003366	A	6	6	1295	1300	100 %	0 %	0 %	0 %	18308983
41	NC_003366	TA	4	8	1341	1348	50 %	50 %	0 %	0 %	18308983
42	NC_003366	CTA	2	6	1350	1355	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18308983
43	NC_003366	AAATC	2	10	1356	1365	60 %	20 %	0 %	20 %	18308983
44	NC_003366	AAT	2	6	1399	1404	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18308983
45	NC_003366	CT	3	6	1414	1419	0 %	50 %	0 %	50 %	18308983
46	NC_003366	ATA	2	6	1469	1474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18308983
47	NC_003366	TAA	2	6	1477	1482	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18308983
48	NC_003366	ATT	2	6	1530	1535	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18308983
49	NC_003366	AGA	2	6	1568	1573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18308983
50	NC_003366	GAA	2	6	1655	1660	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18308983
51	NC_003366	TGG	2	6	1663	1668	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	18308983
52	NC_003366	TAC	2	6	1678	1683	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18308983
53	NC_003366	A	6	6	1701	1706	100 %	0 %	0 %	0 %	18308983
54	NC_003366	TGA	2	6	1726	1731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18308983
55	NC_003366	ATA	2	6	1796	1801	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_003366	TAT	2	6	1808	1813	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_003366	ATT	2	6	1831	1836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_003366	TAT	2	6	1842	1847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_003366	T	6	6	1847	1852	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_003366	TTATT	2	10	1858	1867	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_003366	A	6	6	1909	1914	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_003366	TACTAT	2	12	1970	1981	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_003366	TAT	4	12	1979	1990	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_003366	TAT	2	6	1994	1999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_003366	AT	3	6	2006	2011	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_003366	TAT	2	6	2013	2018	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003366	AGG	2	6	2063	2068	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_003366	AAAT	2	8	2098	2105	75 %	25 %	0 %	0 %	18308984
69	NC_003366	CTATAG	2	12	2115	2126	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	18308984
70	NC_003366	CAA	2	6	2151	2156	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18308984
71	NC_003366	TAG	2	6	2277	2282	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18308984
72	NC_003366	GA	3	6	2301	2306	50 %	0 %	50 %	0 %	18308984
73	NC_003366	TAA	2	6	2307	2312	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18308984
74	NC_003366	TAAAAT	2	12	2329	2340	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18308984
75	NC_003366	AGA	2	6	2353	2358	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18308984
76	NC_003366	TTA	2	6	2396	2401	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18308984
77	NC_003366	AGA	2	6	2413	2418	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18308984
78	NC_003366	CTT	2	6	2499	2504	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18308984
79	NC_003366	TTC	2	6	2535	2540	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	18308984
80	NC_003366	TAT	2	6	2547	2552	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18308984
81	NC_003366	ACAAT	2	10	2634	2643	60 %	20 %	0 %	20 %	18308984
82	NC_003366	AGA	2	6	2692	2697	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18308984
83	NC_003366	AACAT	2	10	2714	2723	60 %	20 %	0 %	20 %	18308984
84	NC_003366	ATT	2	6	2740	2745	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18308984
85	NC_003366	ATG	2	6	2802	2807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18308984
86	NC_003366	TTA	2	6	2810	2815	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18308984
87	NC_003366	AAAC	2	8	2849	2856	75 %	0 %	0 %	25 %	18308984
88	NC_003366	AAGG	2	8	2894	2901	50 %	0 %	50 %	0 %	18308984
89	NC_003366	TGA	2	6	2932	2937	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18308984
90	NC_003366	AGA	2	6	2980	2985	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18308984
91	NC_003366	TACT	2	8	3038	3045	25 %	50 %	0 %	25 %	18308984
92	NC_003366	A	6	6	3055	3060	100 %	0 %	0 %	0 %	18308984
93	NC_003366	TAT	2	6	3112	3117	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18308984
94	NC_003366	T	6	6	3238	3243	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_003366	ATTTT	2	10	3244	3253	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_003366	T	7	7	3250	3256	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_003366	TG	3	6	3291	3296	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_003366	AAG	2	6	3308	3313	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18308985
99	NC_003366	A	7	7	3450	3456	100 %	0 %	0 %	0 %	18308985
100	NC_003366	TGA	2	6	3465	3470	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18308985
101	NC_003366	TA	3	6	3569	3574	50 %	50 %	0 %	0 %	18308986
102	NC_003366	AATT	3	12	3585	3596	50 %	50 %	0 %	0 %	18308986
103	NC_003366	TA	3	6	3691	3696	50 %	50 %	0 %	0 %	18308986
104	NC_003366	CA	3	6	3717	3722	50 %	0 %	0 %	50 %	18308986
105	NC_003366	A	7	7	3838	3844	100 %	0 %	0 %	0 %	18308986
106	NC_003366	AATT	2	8	3885	3892	50 %	50 %	0 %	0 %	18308986
107	NC_003366	TC	3	6	3915	3920	0 %	50 %	0 %	50 %	18308986
108	NC_003366	AGA	2	6	3922	3927	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18308986
109	NC_003366	AAG	3	9	3958	3966	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18308986
110	NC_003366	TAT	2	6	4004	4009	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18308986
111	NC_003366	ATA	2	6	4026	4031	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18308986
112	NC_003366	GAAA	2	8	4043	4050	75 %	0 %	25 %	0 %	18308986
113	NC_003366	AT	3	6	4094	4099	50 %	50 %	0 %	0 %	18308986
114	NC_003366	GA	3	6	4122	4127	50 %	0 %	50 %	0 %	18308986
115	NC_003366	AT	3	6	4150	4155	50 %	50 %	0 %	0 %	18308986
116	NC_003366	AGA	2	6	4210	4215	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18308986
117	NC_003366	AT	3	6	4228	4233	50 %	50 %	0 %	0 %	18308986
118	NC_003366	ATA	2	6	4254	4259	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18308986
119	NC_003366	A	6	6	4297	4302	100 %	0 %	0 %	0 %	18308986
120	NC_003366	GAT	2	6	4343	4348	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18308986
121	NC_003366	AT	4	8	4353	4360	50 %	50 %	0 %	0 %	18308986
122	NC_003366	ATA	2	6	4365	4370	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18308986
123	NC_003366	ATA	2	6	4445	4450	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18308986
124	NC_003366	TTA	3	9	4478	4486	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18308986
125	NC_003366	GAT	2	6	4487	4492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18308986
126	NC_003366	A	6	6	4543	4548	100 %	0 %	0 %	0 %	18308986
127	NC_003366	TAA	2	6	4560	4565	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18308986
128	NC_003366	AGA	2	6	4579	4584	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18308986
129	NC_003366	AGG	2	6	4652	4657	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_003366	GA	3	6	4681	4686	50 %	0 %	50 %	0 %	18308987
131	NC_003366	GTA	2	6	4689	4694	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18308987
132	NC_003366	TTG	2	6	4792	4797	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	18308987
133	NC_003366	GATA	2	8	4841	4848	50 %	25 %	25 %	0 %	18308987
134	NC_003366	TCA	2	6	4878	4883	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18308987
135	NC_003366	ATTA	2	8	4908	4915	50 %	50 %	0 %	0 %	18308987
136	NC_003366	TTA	2	6	4952	4957	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_003366	ATTT	2	8	4964	4971	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_003366	ATTT	2	8	5003	5010	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_003366	AAT	2	6	5052	5057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_003366	GTT	2	6	5097	5102	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_003366	ATT	2	6	5107	5112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_003366	TGC	2	6	5139	5144	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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281	NC_003366	ATATA	2	10	9884	9893	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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284	NC_003366	A	6	6	10005	10010	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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